重慶中醫藥學院前身為1951年西南軍政委員會衛生部創辦的重慶中醫進修學校，曾先后更名為四川省重慶中醫學校、重慶市中醫學校。2001年重慶市中醫學校整體并入重慶醫科大學，組建了重慶醫科大學中醫藥學院。2023年以重慶醫科大學中醫藥學院為主要辦學基礎，充分整合重慶市中醫院、重慶市中藥研究院、重慶市藥物種植研究所等全市中醫藥教學科研優質資源組建重慶中醫藥學院，于6月6日經教育部批準成功設置，6月30日揭牌，同年9月2日招生辦學。
學院選址重慶產教融合生態區（大學城西區），坐落于重慶市璧山區璧城街道蒲國寶路61號，依山臨河，交通便利，環境優美，學院建設規劃總占地面積1686.47畝。
學院擁有教學科研儀器設備價值約1.4億元、紙質藏書51萬冊，直屬附屬醫院7家，擬建附屬醫院和教學醫院23家，中藥類實踐教學基地50個。擁有國家中醫重點專科10個，國家臨床重點專科5個，國家級卓越醫生（中醫）教育培養計劃試點1個，省級重點學科27個。與重慶醫科大學共建共享博士學位授權點1個、碩士學位授權點4個。擁有首批國家中醫藥傳承創新工程建設單位2個、國家中醫藥傳承創新中心建設單位1個、省部級以上科研平臺33個、國家級中醫藥優勢特色教育培訓基地（中藥）1個、國家級中醫藥優勢學科繼續教育基地（中藥資源學）1個，全國中醫藥文化宣教基地1個，校級實驗平臺5個，為學院開展人才培養和科學研究提供了重要的平臺支撐。
學院現有教師400余人，研究生學歷人員占80%以上，副高級以上職稱人員占40%以上，其中有全國名中醫3人、國家青年岐黃學者2人、國務院特殊津貼專家17人、全國名老中醫藥專家傳承工作室專家14人，重慶中青年醫學高端人才20人，引進海外高層次人才3人。現已設置中醫學、中藥學、針灸推拿學、中醫骨傷科學、中西醫臨床醫學、中藥制藥、中醫康復學、中醫養生學、中藥資源與開發、護理學、健康服務與管理11個本科專業。2023年學院首屆招生1200人，規劃到2026年全日制在校學生（含研究生）達6000人，到2030年全日制在校學生（含研究生）達10000人。
“十四五”及未來時期，學院堅持以習近平新時代中國特色社會主義思想為指導，堅持黨的全面領導和社會主義辦學方向，立足重慶、服務西部、輻射全國、走向世界。按照“傳承精華、守正創新”的指示要求，堅守“明德濟世、精術澤人”的校訓精神，秉持“中醫中藥并重、教研醫產相融”的辦學理念，探索“教學立校、人才興校、科研強校、產業富校”的發展道路，遵循中醫藥教育教學和人才成長規律，打造“會看病的教師、會教書的醫生、會育人的科學家”之“三棲名師”，為學生配置“成長導師、學業導師、科研導師”之“三類導師”，堅持院校教育與師承教育融合發展，以本科教育為主體，積極發展研究生教育，協調發展留學生教育和繼續教育，著力培養德智體美勞全面發展、熱愛中醫藥、品德高尚、基礎扎實、技能優良、具有創新精神和實踐能力的高素質應用型人才，努力建設特色鮮明、優勢突出、教研醫產協同、全國知名的高水平中醫藥高等院校。
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